MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius Tc-4-1 chromosome

Total Repeats: 7206

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_017167	TTG	2	6	176791	176796	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
502	NC_017167	CGG	2	6	176832	176837	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
503	NC_017167	TA	3	6	176864	176869	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
504	NC_017167	GC	3	6	178947	178952	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
505	NC_017167	GGA	2	6	178966	178971	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
506	NC_017167	GCGG	2	8	178975	178982	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
507	NC_017167	CCG	2	6	178993	178998	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
508	NC_017167	AGG	2	6	180560	180565	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
509	NC_017167	G	6	6	183730	183735	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
510	NC_017167	AGG	2	6	184621	184626	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
511	NC_017167	CGT	2	6	185834	185839	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
512	NC_017167	GCG	2	6	185842	185847	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
513	NC_017167	TCGAT	2	10	185880	185889	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
514	NC_017167	GAAGG	2	10	185903	185912	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
515	NC_017167	GGTC	2	8	185932	185939	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
516	NC_017167	GAGT	2	8	185974	185981	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
517	NC_017167	CGC	2	6	185996	186001	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
518	NC_017167	GAC	2	6	186002	186007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
519	NC_017167	CAGCGG	2	12	186010	186021	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
520	NC_017167	G	6	6	186029	186034	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
521	NC_017167	CGA	2	6	186100	186105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
522	NC_017167	TCG	2	6	186108	186113	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
523	NC_017167	G	7	7	186131	186137	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
524	NC_017167	GGAG	2	8	186189	186196	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
525	NC_017167	AGC	2	6	186200	186205	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
526	NC_017167	CAT	2	6	187406	187411	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
527	NC_017167	C	6	6	188325	188330	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
528	NC_017167	G	7	7	188338	188344	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
529	NC_017167	AAGA	2	8	188404	188411	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
530	NC_017167	GCG	2	6	190198	190203	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
531	NC_017167	CGA	2	6	192237	192242	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
532	NC_017167	AGA	2	6	193661	193666	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
533	NC_017167	TCC	2	6	195119	195124	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
534	NC_017167	ACG	2	6	195200	195205	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
535	NC_017167	CGG	2	6	196385	196390	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
536	NC_017167	CGA	2	6	196551	196556	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
537	NC_017167	GCC	2	6	199437	199442	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
538	NC_017167	CGG	2	6	199474	199479	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
539	NC_017167	AAAGAA	2	12	199480	199491	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
540	NC_017167	ACG	2	6	202906	202911	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
541	NC_017167	GGCCG	2	10	203412	203421	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
542	NC_017167	GGT	2	6	204704	204709	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
543	NC_017167	GTC	2	6	204843	204848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
544	NC_017167	AGC	2	6	204878	204883	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
545	NC_017167	TCA	2	6	204901	204906	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
546	NC_017167	GACG	2	8	204953	204960	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
547	NC_017167	CTT	2	6	204975	204980	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
548	NC_017167	TTG	2	6	205205	205210	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
549	NC_017167	ATGG	2	8	205290	205297	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
550	NC_017167	TGA	2	6	205328	205333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
551	NC_017167	CGA	2	6	205394	205399	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
552	NC_017167	ATGGA	2	10	205433	205442	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
553	NC_017167	GAAG	2	8	205448	205455	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
554	NC_017167	ACG	2	6	206065	206070	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
555	NC_017167	ATCT	2	8	206409	206416	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
556	NC_017167	GGA	2	6	206437	206442	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
557	NC_017167	CGC	2	6	206966	206971	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
558	NC_017167	CGT	2	6	206981	206986	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
559	NC_017167	CGAC	2	8	207457	207464	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
560	NC_017167	AG	3	6	207484	207489	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
561	NC_017167	TGC	2	6	207558	207563	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
562	NC_017167	GTC	2	6	207731	207736	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
563	NC_017167	ATC	2	6	207747	207752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
564	NC_017167	AT	3	6	207861	207866	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
565	NC_017167	CGCA	2	8	208210	208217	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
566	NC_017167	TTC	3	9	208296	208304	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
567	NC_017167	CGT	2	6	208380	208385	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
568	NC_017167	TG	3	6	210404	210409	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
569	NC_017167	GCG	2	6	210490	210495	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
570	NC_017167	C	6	6	210509	210514	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
571	NC_017167	ACCA	2	8	211998	212005	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
572	NC_017167	GTCG	2	8	212106	212113	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
573	NC_017167	GC	3	6	212123	212128	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
574	NC_017167	TGC	2	6	212129	212134	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
575	NC_017167	GA	3	6	212151	212156	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
576	NC_017167	GT	3	6	212252	212257	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
577	NC_017167	GTC	2	6	212345	212350	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
578	NC_017167	GCT	2	6	212413	212418	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
579	NC_017167	CG	3	6	212425	212430	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
580	NC_017167	GGCC	2	8	212526	212533	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
581	NC_017167	GT	3	6	213861	213866	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
582	NC_017167	CG	3	6	214475	214480	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
583	NC_017167	TGA	2	6	214485	214490	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
584	NC_017167	TCC	2	6	214512	214517	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
585	NC_017167	CT	3	6	214606	214611	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
586	NC_017167	CGGAGG	2	12	214636	214647	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
587	NC_017167	ATG	2	6	214881	214886	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
588	NC_017167	GCT	2	6	214924	214929	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
589	NC_017167	GTT	2	6	214951	214956	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
590	NC_017167	GAG	2	6	215004	215009	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
591	NC_017167	CAC	2	6	215066	215071	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
592	NC_017167	TCA	2	6	215082	215087	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
593	NC_017167	GT	3	6	215092	215097	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
594	NC_017167	TAC	2	6	215176	215181	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
595	NC_017167	AAG	2	6	215216	215221	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
596	NC_017167	CGC	2	6	215231	215236	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
597	NC_017167	CGA	2	6	215250	215255	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
598	NC_017167	GAT	2	6	215266	215271	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
599	NC_017167	TCGA	2	8	215294	215301	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
600	NC_017167	CAA	2	6	216314	216319	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
601	NC_017167	TCA	2	6	216361	216366	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
602	NC_017167	A	6	6	216383	216388	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
603	NC_017167	AAG	2	6	216452	216457	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
604	NC_017167	CG	4	8	216476	216483	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
605	NC_017167	ACG	2	6	216565	216570	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
606	NC_017167	TG	3	6	216618	216623	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
607	NC_017167	GGT	2	6	216642	216647	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
608	NC_017167	GAG	2	6	217831	217836	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
609	NC_017167	G	6	6	218542	218547	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
610	NC_017167	GT	3	6	220784	220789	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
611	NC_017167	CGA	2	6	220810	220815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
612	NC_017167	CGG	2	6	220823	220828	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
613	NC_017167	ATC	2	6	220913	220918	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
614	NC_017167	TGT	2	6	221357	221362	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
615	NC_017167	AGGG	2	8	221443	221450	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
616	NC_017167	TGGCA	2	10	221454	221463	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
617	NC_017167	CGG	2	6	221464	221469	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
618	NC_017167	GGC	2	6	221649	221654	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
619	NC_017167	ATC	2	6	221659	221664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
620	NC_017167	GCC	2	6	221668	221673	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
621	NC_017167	TTG	2	6	221676	221681	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
622	NC_017167	GAT	2	6	221722	221727	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
623	NC_017167	GC	3	6	225173	225178	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
624	NC_017167	GCC	2	6	225251	225256	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
625	NC_017167	TCG	2	6	226220	226225	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
626	NC_017167	ATG	2	6	227442	227447	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
627	NC_017167	GCC	2	6	227467	227472	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
628	NC_017167	TG	3	6	227841	227846	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
629	NC_017167	T	6	6	227872	227877	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
630	NC_017167	C	7	7	227908	227914	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
631	NC_017167	CA	3	6	227953	227958	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
632	NC_017167	GC	3	6	227961	227966	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
633	NC_017167	GGA	2	6	227969	227974	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
634	NC_017167	GCC	2	6	230919	230924	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
635	NC_017167	GCG	2	6	230929	230934	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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637	NC_017167	GGCG	2	8	234824	234831	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
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